Arbeitgeber können per Jahresende verpflichtet sein, für bestimmte Mitarbeiter den sogenannten internen Lohnsteuerjahresausgleich durchzuführen. Dieser ist bei einer Betriebsgröße ab zehn Mitarbeitern verpflichtend und für diejenigen Mitarbeiter möglich, die selber keine Einkommensteuererklärung abgeben müssen.
Im Laufe des Jahres führen Einkommensspitzen, zum Beispiel auf Grund von Urlaubs- bzw. Weihnachtsgeld, zu übermäßig hohen Lohnsteuerabzügen. Beim internen Lohnsteuerjahresausgleich kappt der Arbeitgeber diese Einnahmen und legt sie auf das gesamte Jahr um. Viele Arbeitgeber erledigen diesen Ausgleich mit der letzten Abrechnung des Jahres. Gleichsam haben sie aber bis zur Abrechnung des Lohnzahlungszeitraums Zeit, der im Monat Februar des folgenden Jahres endet (Februarabrechnung).
Der Ausgleich läuft nach folgendem Prinzip: Der Arbeitgeber nimmt die Beträge der in den einzelnen Monaten abgeführten Lohnsteuer und stellt die Summe der für das komplette Jahr tatsächlich zu entrichtenden Lohnsteuer gegenüber. Die sich so in der Regel ergebende Differenz behält er dann von der anstehenden Lohnsteuer ein. Es ist aber nicht erlaubt, den Betrag auszuzahlen. Und, da die Lohnsteuer für jeden Arbeitnehmer ermittelt wird, ist es auch nicht zulässig, hier etwa mit der Steuer anderer Mitarbeiter zur verrechnen.
In der Praxis muss dieser Ausgleich nur in bestimmten Fällen durchgeführt werden. Denn, das Einkommensteuergesetz verpflichtet nur solche Arbeitgeber zum internen Lohnsteuerjahresausgleich, die am Jahresende mindestens zehn Mitarbeiter beschäftigen. Außerdem ist der Ausgleich nur für bestimmte Mitarbeiter zulässig. Letztlich sind das in der Regel diejenigen, die keine besonderen Steuermerkmale aufweisen und somit selber keine Steuererklärung abgeben müssen. Konkret gibt es im Gesetz nämlich eine Vielzahl an Ausnahmen. So muss der Arbeitnehmer das ganze Jahr uneingeschränkt lohnsteuerpflichtig im Unternehmen gearbeitet und darf keine von Steuerklasse I abweichenden Einkünfte bezogen haben. Ebenfalls ausschließend sind beispielsweise Frei- oder Hinzurechnungsbeträge sowie der Bezug von Sonderzahlungen (z.B. Kranken- oder Mutterschaftsgeld).
